Là một điệp viên bí mật cũng có một một số lợi ích nho nhỏ: Bạn sẽ rất ít khi phải tấn công trực diện một kẻ địch và luôn được hỗ trợ bởi vô vàn loại khí cụ hiện đại. Tuy nhiên, có lẽ điều thú vị nhất trong lối chơi này là sau khi nốc ao một đối thủ, bạn có khả năng biến mất như một bóng ma và không một ai có thể biết được chuyện gì đã xảy ra. Nếu đây là lối chơi mà bạn muốn trải nghiệm trong
Alpha Protocol, xin chúc mừng, trò chơi có rất nhiều hỗ trợ cho bạn.
Điều đầu tiên bạn làm khi đi theo con đường hành động lén lút là chọn chuyên môn “Field Agent” trên màn hình khởi tạo của trò chơi. Lựa chọn này cho phép nhân vật của bạn có khả năng học được những kĩ năng như Ẩn nấp, sử dụng súng lục hay cận chiến. Có khá nhiều lối rẽ kể tử sau lựa chọn chuyên môn, bao gồm lựa chọn một chuyên môn cũ với một hệ thống kĩ năng có thể bổ trợ cho lối chơi lén lút.
Người chơi nên dành một số điểm kĩ năng để bỏ vào Sabotage, vì kĩ năng này sẽ hỗ trợ rất nhiều trong việc phá hủy các hệ thống báo động và tăng cường khả năng hack vào các máy tính. Tất cả những việc còn lại là sử dụng kĩ năng sao cho hiệu quả.
Concealment
Ẩn nấp trên cao là cách tốt nhất để không bị phát hiện.
Kĩ năng ẩn trốn cơ bản, với mỗi điểm cộng, khả năng bị phát hiện khi đang di chuyển trong chế độ lén lút càng giảm. Người chơi có thể có đến tối đa 20% khả năng giấu mình.
Awareness
Kĩ năng này cho phép nhân vật của bạn đôi khi cảm thấy kẻ địch và hiện chúng trên radar. Ở cấp đầu tiên, bạn chỉ có thể phát hiện kẻ địch một lần/ một phút. Tuy nhiên, ở cấp độ cuối, bạn sẽ luôn thấy mọi kẻ địch trên bản đồ.
Silent Running
Không có gì tệ hơn khi đang tiến đến mục tiêu và bị phát hiện bởi một thiết bị theo dõi. Kĩ năng này cho phép người chơi chạy mà không phát ra tiếng động nào trong một thời gian ngắn. Cấp độ đầu tiên kéo dài trong 10 giây, và cấp độ cuối kéo dài 30 giây.
Evasion
Một trong những kĩ năng hữu dụng nhất trong các kĩ năng cần thiết cho lối chơi lén lút. Trong trường hợp bị phát hiện bất ngờ, Evasion mang cho người chơi một thời gian ngắn biến mất khỏi tầm mắt đối thủ. Cấp độ đầu tiên chỉ kéo dài hai giây, nhưng cấp độ cuối kéo dài đến bốn giây, đủ để người chơi chạy trốn khỏi hiện trường và biến vào bóng tối.
Shadow Operative
Kĩ năng mạnh nhất trong các kĩ năng lén lút. Một khi học được Shadow Operative, bạn trở nên hoàn toàn vô hình đối với các lính canh không biết đến sự hiện diện của bạn từ trước đó. Ở cấp độ đầu tiên, kĩ năng này kéo dài 6 giây, cấp độ cuối kéo dài 12 giây. Kĩ năng sẽ bị mất nếu người chơi bất ngờ chạy hoặc ném lựu đạn. Kĩ năng này đồng thời không có tác dụng đánh lừa các hệ thống bảo mật tự động.
Hand to Hand expert
Nếu bị phát hiện, hãy sử dụng cú đá bay.
Khi tiến đến gần mục tiêu, cách hiệu quả nhất để hạ gục họ là sử dụng nắm đấm. Một số kĩ năng Close Quarter Combat (CQC) rất đáng để đầu tư điểm là Strike Combos, Meele Defense và Knockback Strikes. Những kĩ năng này giúp Michael Thorton trở thành một võ sĩ có thể khiến cho Jason Bourne cảm thấy xấu hổ.
Kĩ năng CQC mạnh nhất là Fury, không những làm cho nhân vật của bạn phản ứng nhanh hơn, mà còn khiến cú đấm của anh ta phá vỡ được mọi thế che chắn. Tuy nhiên, thời gian của kĩ năng này sẽ lập tức bị mất nếu nhân vật của bạn bắn, đỡ đòn hay ném một vật thể.